Yewangoe lahir pada 31 Maret 1945, dan besar dalam keluarga Guru Injil (arti Anangguru= anak seorang Guru) di Sumba. Dalam momen ini ia terbiasa bertemu dengan serat-serat lokal budaya Marapu, yang adalah bentuk agama leluhur.
Dengan demikian Yewangoe mewakili kontur religiositas umumnya orang Kristen Indonesia, yang bertumbuh dengan keyakinan rohani nenek moyangnya, namun secara kreatif dipadukan dengan agama Kristen. Dan dalam keyakinan leluhur orang Sumba itu maka keseimbangan dan harmoni haruslah dijaga antara alam di sini dan alam yang lain di sana itu.
Dengan demikian sejak dini sebentuk sikap ekumenis telah melekat pada Yewangoe: bahwa kekayaan rohani lokal Nusantara ini mendapat tempat dalam kehidupan bersama, dan malah kearifan tentang kesatuan kosmis kehidupan ditimbanya dari kehidupan di kampung halamannya tersebut.
Pada periode 1963-1969 Yewangoe adalah mahasiswa di Sekolah Tinggi Teologi Jakarta. Di kampus inilah Yewangoe menyadari bahwa sikap terbuka dan inklusif atas tradisi Sumba menjadi modal dasar bagi pergumulannya di sekitar hubungan antara agama Kristen dan pluralisme agama di Indonesia.
Kuliah-kuliah yang diterimanya di kampus selanjutnya menciptakan sebuah pergeseran dalam pemikiran Yewangoe: dari sikap membela iman Kristen secara apologetis kepada analisis kritis atas sistem agama Kristen itu sendiri, yang membuatnya memiliki watak ilmiahnya atas agama.
Teologi yang dikembangkan di STT-Jakarta menjadi cara lain menggugat narasi agamanya sendiri agar dapat dipertanggungjwabkan di hadapan rasionalitas modern, dan relevan terhadap kehidupan konkret.
Setelah pada 1969 Yewangoe menyelesaikan studinya di STT Jakarta, ia pun kembali ke Waingapu, Sumba dan melayani sebagai pendeta di Gereja Kristen Sumba (GKS).
Pada 1971, ia dipanggil menjadi dosen untuk mata kuliah Teologi Sistematika di Akademi Theologia Kupang (kini telah menjadi Universitas Kristen Artha Wacana) yang pada waktu itu baru didirikan oleh Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT) dan Gereja Kristen Sumba (GKS). Setahun kemudian (1972), Yewangoe mendapat kepercayaan menjadi rektor Akademi Theologia Kupang untuk masa jabatan empat tahun.
Pada awal karir akademis dan kegerejaan baik di gereja asalnya Gereja Kristen Sumba maupun sebagai dosen di Akademi Theologia Kupang, Yewangoe memfokuskan perhatian serius pada teologi sistematika, filsafat, dan ilmu agama.
Sejumlah peristiwa ekumenis yang muncul di Nusa Tenggara Timur sebelum dan selama masa kepemimpinan Yewangoe, memungkinkan beliau menawarkan gagasan-gagasan ekumenisnya bagi gereja-gereja (Protestan dan Katolik) di wilayah ini. Pertukaran dosen dan mahasiswa antara Akademi Theologia Kupang (ATK) dan Sekolah Tinggi Filsafat/Teologi Katolik (STF/TK) Ledalero, Flores sebagai wujud kerjasama ekumenis pasca-Konsili Vatikan II, merupakan salah satu sumbangsih beliau.
Pada periode 1977-1979 Yewangoe studi ke Belanda untuk memperdalam studinya di Universitas Vrije, Amsterdam. Selama menempuh pendidikan lanjutan di Vrije Universiteit Amsterdam minatnya bergeser dari sekadar mempelajari agama-agama suku di Indonesia kepada Hinduisme dan juga teolog India Vengal Chakkarai. Lalu pada periode 1983-1987 Yewangoe menempuh pendidikan doktoral di Vrije Universiteit, Amsterdam dan selesai dengan disertasi Theologia Crucis in Asia (Amsterdam, 1987).
Yewangoe berusaha meyakinkan kalangan intelektual Eropa bahwa monokulturalisme merupakan satu satu bentuk penindasan terhadap jati diri masyarakat mana pun. Alhasil, dengan karya ini Yewangoe sanggup membuktikan dirinya sebagai seorang teolog pengalih (istilah Mansford Prior SVD), yang dengan cara itu sebentuk dialog interkultural di dunia global dimungkinkan.
Sekembalinya dari Belanda, Yewangoe menyadari bahwa persoalan kemiskinan dan ketidakadilan di Indonesia tidak dapat diselesaikan hanya oleh gereja tetapi harus bersama agama-agama/kepercayaan lain.
Di sinilah pengertian ekumenisme sebagai gerakan gerejawi demi “oikoumene” (dari bahasa Yunani: dunia yang dihuni) yang layak didiami oleh semua orang dikembangkannya. Kala inilah juga gagasan ekumenis yang dilontarkan pak Yewangoe melampaui pengertian gereja selama ini (yaitu sebatas keesaan gereja), menjadi ekumene di dalam spektrum pemahaman tentang “Indonesia sebagai sebuah rumah tangga Allah.”
Pertanyaan yang berkali-kali diajukan Yewangoe dalam berbagai kesempatan adalah: “apakah kita (gereja-gereja) sedang berekumene dalam arti sesungguhnya membangun kesatuan antargereja dan dengan mereka yang beragama lain demi ruang inklusif bersama-, atau berekumene dalam pengertian “lebih sibuk membangun kesatuan internal di kalangan sendiri sehingga menjadi kelompok eksklusif?”
Menurut Yewangoe, pertanyaan ini dilatar belakangi oleh kenyataan bahwa selama ini makna dari “hidup berekumene” terus direduksi pada sekadar semangat “merapatkan barisan” internal gereja dan dengan demikian, gereja-gereja di Indonesia tidak saja menjadi komunitas eksklusif tetapi juga (bahkan) mempertontonkan arogansi masing-masing.
Kondisi ini menurut Yewangoe, mengharuskan sebuah reinterpretasi atas konsep “ekumene” dan “hidup berekumene” itu sendiri, dan Yewangoe secara personal memilih jalan ekumenis yang inklusif tersebut, selama 10 tahun masa kepemimpinannya selaku ketua umum Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia.
Bergabungnya Yewangoe dengan sejumlah tokoh agama (Gus Dur, Djohan Efendi, Said Agiel Siradj, Cittacuto Bhikkhu, H.S. Dillon, dll.) dalam mendorong kelahiran dan aktifitas Indonesia Conferrence on Religion and Peace (ICRP) pada tahun 2002; dan keikutsertaannya dalam “Kelompok Anti Sembilan Kebohongan” bersama sejumlah tokoh lintas agama di antaranya Ahmad Sjafi’i Maarif, Din Syamsudin, dan Frans Magnis-Suseno, membuktikan kekhasan dan konsistensi pemikiran ekumenis Yewangoe: Membangun kehidupan bersama tanpa saling curiga namun kritis karena kita adalah sesama yang hidup bersama di dalam sebuah “rumah tangga Allah” yakni Indonesia ini.
Gereja-gereja patut mendukung dan berterimakasih pada arah keterlibatan ekumenis yang Yewangoe hidupi dan tawarkan tersbut -dan karena arah itulah ia dikenal secara publik di negeri ini. Dan bangsa ini kiranya dapat menerima kekayaan pemikiran dan rohani yang dikembangkannya tersebut, sebab biografi ekumenisme dapat pula menjadi cara yang pas dalam agama-agama memberi kontribusinya bagi bangsa Indonesia, yang ingin menjadi negara modern namun berkepribadian Pancasila.
